O Colégio Santo Tomás de Aquino busca a excelência no processo de Ensino Aprendizagem e a formação integral de seus estudantes. Nossa proposta pedagógica para o Ensino Fundamental II (6⁰ ao 9⁰ ano) é pautada na ética e na pluralidade cultural, contribuindo na formação de cidadãos cristãos comprometidos com a construção de uma sociedade mais justa e fraterna. Sua estrutura curricular segue a Base Nacional Comum (BNC).
Ao longo do Ensino Fundamental - Anos Finais, os estudantes se deparam com desafios de maior complexidade, daí a necessidade de fortalecer a autonomia destes adolescentes, proporcionando-lhes condições e ferramentas para acessar e interagir criticamente com diferentes conhecimentos e fontes de informação.